דוקטורט בביואינפורמטיקה

University of Tehran, Kish International Campus

תיאור התכנית

Read the Official Description

דוקטורט בביואינפורמטיקה

University of Tehran, Kish International Campus

מבוא

ביואינפורמטיקה היא מדע בין-תחומי בממשקים של המדעים הביולוגיים, האינפורמטיביים והחישוביים, משתמשת בחישוב כדי להבין טוב יותר את הביולוגיה. ביואינפורמטיקה כרוכה ניתוח של נתונים ביולוגיים, במיוחד DNA, RNA, רצפי חלבון. תחום הביואינפורמטיקה חווה צמיחה מתפתחת החל מאמצע שנות התשעים, המונעת בעיקר על ידי פרויקט הגנום האנושי ועל ידי התקדמות מהירה בטכנולוגיית רצף הדנ"א. טכנולוגיות חדשות וחדשניות מייצרות סדרות נתונים ביולוגיות של רזולוציה הולכת וגדלה, אשר חושפות לא רק רצפים גנומיים, אלא גם רצפי רנ"א וחלבונים, יחסי הגומלין שלהם זה עם זה, לוקליזציה תת-תאית שלהם, וזהותם ושפעם של מולקולות ביולוגיות אחרות. זה דורש פיתוח ויישום של שיטות חישוביות מתוחכמות. ביואינפורמטיקה משתמשת בגישות חישוביות כדי לנתח דפוסי נתונים ביולוגיים וליצור מודלים מורכבים של פעילות ביולוגית, כולל ניסיונות להבהיר את הפונקציות של הגנים ואת האינטראקציות שלהם Pathways גנטיים. יתרונות סוציאליים נרחבים צפויים לנצל את העושר של ידע חדש לגבי המנגנונים הגנטיים של החיים ותהליכים קשורים.

הניתוחים בביואינפורמטיקה מתמקדים בעיקר בשלושה סוגים של מערכי נתונים גדולים הזמינים בביולוגיה מולקולרית: מבנים מקרומולקולריים, רצפי גנום ותוצאות ניסויים גנומיים פונקציונליים (למשל, נתוני הבעה). מידע נוסף כולל את הטקסט של מאמרים מדעיים "נתוני מערכת יחסים" מ Pathways מטבוליים, עצים טקסונומיה, וחלבון אינטראקציות רשתות חלבון. ביואינפורמטיקה מעסיקה מגוון רחב של טכניקות חישוביות, כולל רצף ויישור מבניים, תכנון מסדי נתונים וכריית נתונים, גיאומטריה מקרומולקולרית, בניית עץ פילוגנטי, חיזוי מבנה וחלבון של חלבון, איתור גנים והקבצה של נתוני ביטוי. הדגש הוא על גישות המשלבות מגוון שיטות חישוביות ומקורות נתונים הטרוגניים.

המטרה העיקרית של תוכנית הדוקטורט בביואינפורמטיקה בקמפוס הבינלאומי היא להכשיר את הדור הבא של ביולוגים חישוביים לקריירה באקדמיה, בתעשייה ובממשל.

תכנית הלימודים לתואר שלישי

הדוקטורט בביואינפורמטיקה דורש השלמת 32 נ"ז, סדרת קורסים ליבה (9 נ"ז), סמינר (1 אשראי) ו -8 נ"ז של קורסי בחירה ותזה דוקטורט (18 נ"ז). הדגש העיקרי של התכנית הוא על השלמה מוצלחת של פרויקט מחקר מקורי ועצמאי שנכתב והוגדר כתזה.

בחינה מקיפה

בחינה מקיפה צריכה להילקח לכל היותר בסוף הסמסטר הרביעי, והיא נדרשת לפני שהתלמיד יכול להגן על הצעת הדוקטורט. לתלמידים יהיו שתי הזדמנויות לעבור את החינה המדעי מקיפה. אם התלמידים מקבלים הערכה של "לא משביע רצון" בניסיון הראשון שלהם בחינה מקיפה, התלמיד יכול לקבל מחדש את המועמד פעם אחת. כישלון שני יביא לסיום התוכנית. הבחינה המקיפה נועדה להבטיח שהסטודנט יתחיל מוקדם בהשגת ניסיון מחקרי; זה גם מבטיח כי התלמיד יש פוטנציאל לבצע מחקר ברמת הדוקטורט.

הצעת הדוקטורט

הצעת הדוקטורט חייבת להכיל מטרות ספציפיות, עיצוב ומחקר שיטות, וכן הצעת עבודה ציר הזמן. בנוסף, ההצעה חייבת לכלול גם ביבליוגרפיה וכקבצים מצורפים, כל פרסומים / חומרים משלימים. על התלמיד להגן על הצעת התזה שלו לוועדה בבחינה בעל פה.

תזה

על התלמיד לבחור יועץ לתזה (וכן יועץ אחד או שניים אם נדרש) בשנה הראשונה בהיותו בתכנית הדוקטורט, שאושרה על ידי ועדת הפקולטה. בשנה השנייה, יש להגיש ועדת תזה המוצעת על ידי היועץ לצד הצעת הדוקטורט לאישור. ועדת התזה צריכה לכלול לפחות חמישה חברי סגל. שני חברי ועדת תזה צריכים להיות מן האוניברסיטאות האחרות ברמת פרופסור חבר. לא יאוחר מתום הסמסטר החמישי, על התלמיד להציג ולהגן על הצעת דוקטורט בכתב.

מחקר ופיתוח

סטודנט צפוי להיפגש עם ועדת התזה שלו לפחות פעם בשנה כדי לבחון את התקדמות המחקר. בתחילת כל שנה קלנדרית, על כל סטודנט ועל יועצו של התלמיד להגיש הערכת הערכה על התקדמות התלמיד, תוך פירוט הישגים ותוכניות בשנה החולפת לשנה הנוכחית. ועדת התזה בוחנת את הסיכומים הללו ושולחת לתלמיד מכתב המסכם את מעמדם בתוכנית. תלמידים שאינם מצליחים להתקדם, צפויים לתקן את כל הליקויים ולעבור לאבן דרך הבאה תוך שנה. אי ביצוע פעולה זו יביא לביטול התוכנית.

עבודת הדוקטורט

תוך 4 שנים לאחר כניסתו לתכנית הדוקטורט, צפוי הסטודנט להשלים את עבודת התזה. על התלמיד לקבל את תוצאות המחקר שהתקבלו או פורסמו בכתבי עת של עמיתים. עם הגשת תזה בכתב והגנה ציבורית ואישור על ידי הוועדה, הסטודנט מוענק לתואר דוקטור. ההגנה תכלול) 1 (הצגת עבודת הדוקטורט על ידי הסטודנט לתואר שני,) 2 (תחקור על ידי הקהל הרחב ו) 3 (- תחקיר סגור על ידי ועדת הדוקטורט. התלמיד יקבל הודעה על תוצאות הבחינות בהשלמת כל שלושת חלקי ההגנה על עבודת הדוקטורט. על כל חברי הוועדה לחתום על הדו"ח הסופי של ועדת הדוקטורט ועל הנוסח הסופי של עבודת הדוקטורט.

מינימום GPA של 16 מעל 20 חייב להישמר עבור סיום הלימודים.

קורסים פלוס (לא רלוונטי לתואר)

הדוקטורט בביואינפורמטיקה מניח תואר שני בתחומים קשורים. עם זאת, תלמידים בעלי תואר שני אחר מלבד זאת יידרשו להשלים כמה קורסי פילוס הבאים אשר נועדו לספק רקע לקורסים לתואר שלישי. קורסים אלה פילוס לא נספרים עבור תואר שני לקראת הדוקטורט בביואינפורמטיקה.

קורסים מפלסים: לכל היותר 3 קורסים נדרשים; 6 נ"ז

קורסי ליבה: נדרשים 4 קורסים; 10 נ"ז

קורסי בחירה: 4 קורסים נדרשים, 8 נ"ז

תיאור הקורס

ביואינפורמטיקה מתקדמת

תוכן קורס:
מבוא לביולוגיה מולקולרית, מאגרי נתונים ביולוגיים, עיבוד רצפים ביולוגיים עם MATLAB, הומולוגיה רצף, מערכי חלבון, מעגל רצף מרובה, יישור כלים, שיטות ביולוגיות, מודלים רצפים, מודלים של מודלים לאחר, מודלים גנטיים, מבוא לשיחזור פילוגנטי, מרחק שיטות מבוססות, שיטות מבוססות אופי: גסות, שיטות הסתברותיות: סבירות מקסימלית, Microarrays, Matlab

אלגוריתמים בביואינפורמטיקה

תוכן קורס:
מבוא לביולוגיה מולקולרית, רצף רצף, עץ סיומות, מערך הגנום, חיפוש במאגרי נתונים, ריבוי רצף יישור, שחזור פילוגניות, השוואת פילוגניות, סידור גנום, מציאת מוטיב, חיזוי מבנה משני של רנ"א, רצף פפטידים, גנטיקה של אוכלוסיות

ביואינפורמטיקה מבנית

תוכן קורס:
הגבלת מודלים מולקולריים, הגדרת ביואינפורמטיקה ומבנה, יסודות מבנה החלבון, חיפוש ודגימה במבנה, שיטות חיפוש, ניתוח נתונים וצמצום, הדמיה מולקולרית

גנומיקה חישובית

תוכן קורס:
מבוא, מושגים של אפידמיולוגיה גנטית, אינטגרציה של ניתוח הצמדה ורצף הדור הבא נתונים, מיפוי QTL של תכונות מולקולריות למחקרים של מחלות מורכבות אנושיות, עניין מחודש בפלוטיפ מ סמן גנטי לחיזוי גנים, גישות אנליטיות עבור נתוני רצף Exome, ניתוחי נדיר ניתוח אנשים שאינם קשורים, שכפול גנים והשלכות תפקודיות, מ- GWAS לרצף הדור הבא על מחלות אנושיות מורכבות ההשלכות על רפואה טרנס-רפואית ותרפויטית

מודלים מטבוליים

תוכן קורס:
הנדסה סינתטי מטבוליזם מ מידול מטבולי כדי עיצוב רציונלית של התקנים ביוסינתטיים, בניית סטרולים סינתטיים בחישוב פותח את סודות האבולוציה? , מאפיינים של התחבורה Succrose באמצעות Scrorose ספציפיים פורן ScrY למד על ידי סימולציות מולקולרית דינמיקה, Solverstatics מהירה של ביומולקולות, מודל מבוסס עיצוב של Microreactors ביוכימי, ביסוס ביולוגיה עמילן עם מחקרים במבחנה על אנזימים פעיל פחמימות ו glycomaterials biosynthetic, Comparmentalization ואת התחבורה של שלפוחית ​​סינתטי, Metabolomics סטנדרטים ומידול מטבולי עבור ביולוגיה סינתטית בצמחים, האם תחזיות עקבית עם עדויות ניסוי? , אופטימיזציה של ייצור הנדסה של Dihomomethionine Glucoraphanine ב Nicotiana benthamiana, פפטידים סינתטיים כמו חלבון Mimics, סינתטי חלבונים פיגומים על פי מוטיבים פפטיד ו מתאם מתאם תחומים לשיפור פרודוקטיביות מטבולית, הנדסה של Pathways מטבוליים על ידי תעלות אנזימים מלאכותיים

דוגמנות בביולוגיה של המערכת

תוכן קורס:
יסודות של מודלים מתמטיים, כיול מודל ועיצוב ניסיוני, מודלים של תהליכים תאיים, המרות אנזימטיות, תהליכי פילמור, העברת אותות ומערכות מווסתות גנטית, ניתוח מודולים ומוטיבים, שיטות כלליות לניתוח מודלים, היבטי תורת הבקרה, מוטיבים רשתות סלולריות, ניתוח רשתות סלולריות, הנדסה מטבולית, מאפיינים טופולוגיים

כריית נתונים מתקדמת

תוכן קורס:
מבוא לכריית נתונים בביואינפורמטיקה, הייררכית פרופיל ניקוד ויישומים בביואינפורמטיקה שיטות ושיטות שילוב של מערכות ניקוד מרובות, ויזואליזציה של רצף DNA, פרוטאומיקה עם ספקטרומטריית מסה, ניתוח יעיל ויעיל של מערכי נתונים פילוגנטיים גדולים, היבטים אלגוריתמיים של חרוט חלבונים, הבדלים בין תבניות פורמולציות עבור נתונים גנומי הטרוגניות, טכניקות אשכולות Parameterless עבור ניתוח ביטוי ג 'ין, ג' ין מפלה משותפת הבחירה של סיווג מולקולרי של סרטן, מערכת ניתוח האפלואיפ לגנים גילוי מחלות נפוצות, מסגרת Bayesian לשיפור קיבוץ אשכולות דיוק של רצף חלבון

למידת מכונה

תוכן קורס:
למה אנחנו מעוניינים בלמידה מכונה, נתונים סטטיסטיים של למידה ממוחשבת וניתוח נתונים, זיהוי תבניות, רשתות עצביות ולמידה מעמיקה, לימוד אשכולות והמלצות, למידה לנקוט בפעולות, לאן אנחנו הולכים מכאן?

תכנון בעזרת תרופות

תוכן קורס:
הנדסה קוונטית וגישות מכניות מולקולריות, מערכות מתכת מעבר, מודלים חלבון חלבון אינטראקציות על ידי גוף קשיח, מודלים מבוסס QM, מצב נוכחי ועתיד
This school offers programs in:
  • אנגלית


עודכן לאחרונה {תאריך}
משך ומחיר
This course is מבוסס קמפוס
Start Date
תאריך התחלה
Sept. 2019
Duration
משך
תכנית חלקית
תכנית מלאה
Locations
איראן - Tehran, Tehran Province
תאריך התחלה : Sept. 2019
מועד אחרון להגשת בקשה בקשת מידע
תאריך סיום בקשת מידע
Dates
Sept. 2019
איראן - Tehran, Tehran Province
מועד אחרון להגשת בקשה בקשת מידע
תאריך סיום בקשת מידע